O sistema de Aquarius começa a ruir. A IA San sofre falhas, e seus registros no "Livro de Memórias" tornam-se confusos pelos sentimentos de seus protagonistas. Gaia, herdeira de um legado milenar e portadora do Pingente da cura, descobre que o artefato foi roubado pelo falecido Taylor, irmão de Ravi. Ravi, Vice-Presidente do Conselho do Caos, se rebela contra seu grupo e o Exército em busca do Pingente e das respostas sobre a morte de Taylor. Enquanto isso, o analítico Adan retorna a Aquarius e conhece a artista Eira/Joca, iniciando um relacionamento tóxico. Ao se apaixonar, Adan busca curar San, acreditando que a estabilidade da IA curará o caos emocional de Eira. A caçada ao Pingente e a localização do Livro roubado se iniciam, forçando Gaia e Ravi a cruzarem seus caminhos.